【国の機関】
・文部科学省　http://www.mext.go.jp/
・文化庁　http://www.bunka.go.jp/
　　国指定文化財等検索システム　http://www.bunka.go.jp/pub/
　　文化遺産オンライン　http://bunka.nii.ac.jp/

・独立行政法人国立博物館　http://www.natmus.jp/
　　東京国立博物館　http://www.tnm.go.jp/
・独立行政法人国立美術館
　　東京国立近代美術館　http://www.momat.go.jp/
　　国立西洋美術館　http://www.nmwa.go.jp/
・独立行政法人国立科学博物館　http://www.kahaku.go.jp/
・独立行政法人文化財研究所　http://www.nabunken.go.jp/bunkazai/mokuji.htm
　　東京文化財研究所　http://www.tobunken.go.jp/
・独立行政法人国立公文書館　http://www.archives.go.jp/

・大学共同利用機関法人人間文化研究機構　http://www.nihu.jp/
　　国文学研究資料館　http://www.nijl.ac.jp/
・大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構　http://www.rois.ac.jp/
　　国立情報学研究所　http://www.nii.ac.jp/index-j.html

【都の機関】
・東京都遺跡地図情報インターネット提供サービス　http://www.syougai.metro.tokyo.jp/iseki0/iseki/

・東京都生涯学習文化財団　http://www.tef.or.jp/
　　東京都埋蔵文化財センター　http://www.tef.or.jp/maibun/index.html

・東京都歴史文化財団　http://www.rekibun.or.jp/
　　東京都江戸東京博物館　http://www.edo-tokyo-museum.or.jp/
　　江戸東京たてもの園　http://www4.ocn.ne.jp/~tatemono/
　　東京都写真美術館　http://www.syabi.com/
　　東京都現代美術館　http://www.mot-art-museum.jp/
　　東京都美術館　http://www.tobikan.jp/
　　東京都庭園美術館　http://www.teien-art-museum.ne.jp/

【市区町村の機関】
・江東区の歴史と文化財（江東区教育委員会）　http://www.city.koto.tokyo.jp/~bunkazai/
・みたか遺跡展示室（三鷹市遺跡調査会）　http://www.mitaka-iseki.jp/

・大田区立郷土博物館　http://www.city.ota.tokyo.jp/seikatsu/manabu/hakubutsukan/
・葛飾区郷土と天文の博物館　http://203.141.15.25/shisetsu/katusika/index-j.html
・新宿区生涯学習財団　新宿歴史博物館　http://www.regasu-shinjuku.or.jp/46.html
・板橋区立郷土資料館　http://www.city.itabashi.tokyo.jp/kyoudo/
・府中市郷土の森博物館　http://www.fuchu-cpf.or.jp/museum/
・八王子市郷土資料館　http://homepage3.nifty.com/hachioji-city-museum/
・パルテノン多摩　http://www.parthenon.or.jp/
・東村山ふるさと歴史館　http://www.city.higashimurayama.tokyo.jp/~kakukaweb/052000/
・羽村市郷土博物館　http://www.city.hamura.tokyo.jp/museum/museum.html
・新島村博物館　http://www.niijima.com/museum/

・品川区品川歴史館　http://www.city.shinagawa.tokyo.jp/h/h06/h0603.html
・文京区ふるさと歴史館　http://www.city.bunkyo.tokyo.jp/shisetsu/rekishikan/
・北区飛鳥山博物館　http://www.city.kita.tokyo.jp/kyouiku/museum/
・国立市くにたち郷土文化館　http://www.m-net.ne.jp/~kunicity/rekisi_1.html
・清瀬市郷土博物館　http://www.city.kiyose.tokyo.jp/citylife/institution/museum/index.htm

【大学】
・東京大学総合研究博物館　http://www.um.u-tokyo.ac.jp/
・東京大学史料編纂所　http://www.hi.u-tokyo.ac.jp/
・東京大学東洋文化研究所　http://www.ioc.u-tokyo.ac.jp/
・國學院大學学術フロンティア事業　http://www2.kokugakuin.ac.jp/~frontier/
・國學院大學21世紀COEプログラム　http://21coe.kokugakuin.ac.jp/
・国際基督教大学博物館湯浅八郎記念館　http://subsite.icu.ac.jp/yuasa_museum/
・明治大学博物館　http://www.meiji.ac.jp/museum/
・早稲田大学会津八一記念博物館　http://www.waseda.ac.jp/aizu/
・国士舘大学イラク古代文化研究所　http://iraq-ins.kokushikan.ac.jp/
・駒澤大学禅文化歴史博物館　http://www.komazawa-u.ac.jp/~zenbunka/
・中央大学考古学ゼミナール　http://c-faculty.chuo-u.ac.jp/~kaname/
・中世資料学の総合的研究　http://www.abc-proj.jp/

・東京大学大学院人文社会系研究科・文学部考古学研究室　http://www.l.u-tokyo.ac.jp/archaeology/
・早稲田大学考古学研究室　http://www.waseda.jp/bun-arc/
・早稲田大学考古学研究室「縄文時代終末期の研究」　http://pro3.project.mnc.waseda.ac.jp/joumon/
・Charles T. Keally　http://www.fcc.sophia.ac.jp/Faculty/Keally/keally.html
・首都大学東京考古学研究室　http://www.bcomp.metro-u.ac.jp/shigaku/archaeology/
・駒澤大学考古学研究室　http://user.komazawa.com/~arch/
・玲子の考古学教室　http://www.swu.ac.jp/~reiko/
・菊池誠一研究室　http://www.swu.ac.jp/~skikuchi/
・東京外国語大学小川英文研究室　http://www.tufs.ac.jp/ts/personal/kidlat/
・中央大学考古学研究会　http://koukoken.hp.infoseek.co.jp/
・早稲田大学考古学研究会　http://www.geocities.jp/rock_ticker_underground/

・昭和女子大学スチュアートヘンリ研究室　http://www.swu.ac.jp/prof/stew_hon/index2.html
・東京都立大学大学院社会科学研究科社会人類学研究室　http://www.bcomp.metro-u.ac.jp/shajin/
・一橋大学社会人類学共同研究室　http://anthropology.soc.hit-u.ac.jp/

・東京大学原子力研究総合センタータンデム加速器研究部門　http://www.malt.rcnst.u-tokyo.ac.jp/indexj.html

【美術館】
・目黒区美術館　http://www.mmat.jp/
・世田谷美術館　http://www.setagayaartmuseum.or.jp/
・板橋区立美術館　http://www.city.itabashi.tokyo.jp/art/
・練馬区立美術館　http://www.city.nerima.tokyo.jp/museum/
・府中市美術館　http://www.art.city.fuchu.tokyo.jp/

・根津美術館　http://www.nezu-muse.or.jp/
・五島美術館　http://www.gotoh-museum.or.jp/
・泉屋博古館分館　http://www.sen-oku.or.jp/tokyo/
・出光美術館　http://www.idemitsu.co.jp/museum/
・上野の森美術館　http://www.ueno-mori.org/
・損保ジャパン東郷青児美術館　http://www.sompo-japan.co.jp/museum/
・ブリヂストン美術館　http://www.bridgestone-museum.gr.jp/
・Bunkamuraザミュージアム　http://www.bunkamura.co.jp/museum/

【個人・団体】
・日本考古学リソースのデジタル化　http://www.amy.hi-ho.ne.jp/mizuy/
・黒潮の考古学　http://www.ao.jpn.org/kuroshio/
・江戸遺跡研究会　http://ao.jpn.org/edo/
・苔の下　http://www.mars.dti.ne.jp/~ryok/
・東京都大森貝塚保存会　http://www.o-ta.net/kaiduka/

・（財）たましん地域文化財団　http://www.tamashin.or.jp/
・（財）東日本鉄道文化財団　http://www.ejrcf.or.jp/